AS Roma

Vào năm 2001, khi anh 16 tuổi, Chelsea và Arsenal đã đề nghị anh về một bảng hợp đồng nhưng anh từ chối do ước mơ của anh là chơi cho đội bóng quê nhà Roma.[1]

Anh có trận đấu đầu tiên ở Serie A khi mới 18 tuổi, dưới sự dẫn dắt của huấn luyện viên Fabio Capello vào ngày 10 tháng 5 năm 2003 trong trận tiếp Torino. Mùa giải 2003-04, anh được AS Roma cho 1 đội bóng ở Serie B Triestina mượn để anh có thể có mặt trong đội hình chính thức, qua đó trau dồi kỹ thuật cũng như tích lũy kinh nghiệm.

Trở về Roma ở mùa giải 2004-05, anh lập tức có một suất ở đội hình một. Ở mùa giải 2005-06, anh ghi bàn thứ hai cho Roma trong trận derby trước S.S. Lazio vào ngày 26 tháng 2 năm 2006; trận thắng đã giúp Roma phá vỡ kỉ lục về mạch trận thắng liên tiếp ở Serie A.[2] (Sau này kỉ lục bị phá vỡ bởi Inter Milan ở mùa giải 2006-07).

Mùa giải 2006-07

Ở mùa giải tiếp đó anh được đánh giá như một trong những cầu thủ tốt nhất của Roma. Anh được trao chiếc áo số 8 trước đây thuộc về Matteo Ferrari. Không may một chấn thương đã khiến anh phải ngồi ngoài trong một thời gian dài[3][4]. Aquilani trở lại sân cỏ vào tháng 5 năm 2007 và chơi trong 3 trận cuối mùa giải.

Mùa giải 2007-08

Anh cũng chơi ở UEFA Champions League trong trận tiếp Real Madrid và anh đã có một trận đấu rất thàn công. Anh ghi 2 bàn từ hai quả sút xa trong hai trận đầu mùa giải 2007-08 tiếp Palermo và Siena. Mặc dù anh bị chấn thương vào tháng 10 năm 2007[5] song anh vẫn có thể quay trở lại đội hình vào tháng 1 năm 2008.

Mùa giải 2008-09

Aquilani bị chấn thương trong trận tiếp Chelsea vào ngày 22 tháng 10 năm 2008[6]. Anh trở lại sân cỏ vào ngày 11 tháng 1 năm 2009 trong trận tiếp AC Milan nhưng bị dính một chấn thương khác vào tháng 2 năm 2009[7]. Mặc dù anh trong trận tiếp Arsenal khi vào sân ở phút cuối vào ngày 11 tháng 3 năm 2009 nhưng anh vẫn không thể chơi ở phần còn lại của mùa giải[8].

Vào ngày 26 tháng 5 năm 2009, Aquilani ký bản hợp đồng mới với Roma cho tới năm 2013, thêm hai năm so với bản hợp đồng cũ[9][10].

Liverpool

Vào ngày 5 tháng 8 năm 2009, Liverpool F.C. cho biết họ đã đạt được thoả thuận với A.S.Roma cho vụ chuyển nhượng Aquilani, và vấn đề chỉ còn là buổi kiểm tra sức khoẻ[11][12][13]. Câu lạc bộ cho biết cầu thủ này đã vượt qua buổi kiểm tra sức khoẻ và ký hợp đồng 5 năm vào ngày 7 tháng 8 năm 2009. Roma cho biết mức giá là 20 triệu Euro. Aquilani không thể chơi trận mở màn của Liverpool ở mùa giải 2009-10 cho Liverpool do anh chưa hồi phục chấn thương. Anh được trao chiếc áo số 4 của huyền thoại sân Anfield Sami Hyypiä người đã gia nhập Bayer Leverkusen vào cuối mùa giải 2008-09.

Juventus

Ngày 21 tháng 8 năm 2010, Liverpool và Juventus đã đạt được thoả thuận theo đó Aquilani sẽ gia nhập Juventus theo bản hợp đồng cho mượn có thời hạn 1 năm.[14] Sau đó, Juventus sẽ tiếp tục đàm phán hợp đồng mới và đội bóng thành Turin có dự định sẽ mua đứt anh với mức giá 16 triệu euro cùng bản hợp đồng có thời hạn 3 năm.[15]